Итак, после Швабской войны 1499 г. Швейцария де-факто была независима от СРИ (кроме Базеля, Шаффхаузена и Санкт-Галлена, которые продолжали судиться в имперском суде).
Реформацию в Цюрихе начал священник Гульдрих Цвингли. Начал почти одновременно с Лютером, хотя и не без его влияния. Но если Лютер был консервативен и сохранил учение о реальности причастия, то Цвингли намного предвосхитил Кальвина в отрицании реальности причастия, в тотальном отрицании святых и органной музыки. В 1520-25 гг. Цюрих и другие северные города стали цвинглианскими. Кое-где под влиянием Крестьянской войны появили анабаптисты. Цвинглианская городская буржуазия изгоняла католиков из городов. Были запрещены веселые средневековые праздники и карнавалы. Восторжествовало пуританство. Праздники теперь отмечали постом. В 1528 г. протестантским стал крупнейший кантон - Берн (40% населения Швейцарии).
Лесные и горные кантоны внутренней Швейцарии (тоже 40% населения) остались крестьянскими и католическими. С 1524 г. Ури, Швиц, Унтервальден, Люцерн и Цуг создали Союз 5 кантонов. В ответ протестантские кантоны объединились с немецкими городами. В 1529 г. Австрия встала на сторону Союза 5 кантонов. Произошла первая война цвинглианцев с католиками. Первый земельный мир 1529 г. закончился компромиссом и совместным пиром.
Но фанатик Цвингли не унимался. Он связался с гессенцами и спровоцировал войну 1531 г. У Каппеля католические войска разбили цюрихцев, Цвингли был убит в бою, католики разрубили его тело. По Второму земельному миру из 13 кантонов 7 стали католическими, 4 - протестантскими, 2 - смешанными (в Гларусе католики были меньшинством, а Аппенцель в 1597 г. разделят на два полукантона, католический и протестантский). Таким образом, у католиков было большинство в Соборе Швейцарии, но в комиссии по примирению на совместных колониальных землях был паритет 50/50%.
После Тридентского собора в 1570-е годы началась Контрреформация, в католических кантонах были основаны иезуитские и капуцинские семинарии. Активно строились барочные церкви. Монастырь Санкт-Галлен сумел уцелеть в окружении протестантских земель.
Что касается Женевы, то она ведь не входила в Швейцарию, а была частью Савойского герцогства. В 1536 г. туда приехал Кальвин и основал Женевскую республику. Швейцарцы помогли защищать ее от савойских войск, и с 1602 г. независимость Женевы была признана Савойей. В кальвинизм была обращена вся Франко-Швейцария. Поэтому они еще больше отчуждились от Франции.
Протестантские кантоны в 1566 г. приняли единый символ веры (Второе гельветическое исповедание), позже дополненный в 1618 г. Цвинглианцы слились с кальвинистами. (Радикальные секты типа анабаптистов и отрицавших Троицу унитариев были запрещены.) Однако в СРИ лишь лютеранство и католичество были разрешенными религиями после Аугсбургского мира 1555 г., так что кальвинистская Швейцария оказалась вне юридических рамок. Зато отсюда кальвинизм разошелся по всей Европе. Миссионеры шли в Венгрию и Польшу. Они породили гугенотов во Франции. Ведь "гугенот" и значит "швейцарец" (Eidgenossen). Швейцарские кальвинисты породили и шотландское пуританство.
В противовес им католические кантоны заключали союзы с Савойей, Францией и Испанскими Габсбургами.
За 150 лет внутри Швейцарии было множество стычек католиков с протестантами, но лишь дважды дело дошло до маленьких войн. В остальном швейцарцы поняли, что ради мира и нейтралитета внутри Содружества следует не вмешиваться в союзы с другими странами. Так постепенно шли к нейтралитету. Отдельные кантоны, в основном католические, поставляли наемников в разные страны, а некоторые не поставляли вообще.
