Обновленное государство 1801 г. включало 17 кантонов, Собор из 102 депутатов, Большой Совет из 25 чел. и Малый Совет из 5 чел. Правительством руководили католики-консерваторы Фришинг и Рединг.
Однако либералы-унитарии совершили переворот 17 апреля 1802 г. и созвали Собрание нотаблей, скинув консерваторов. Референдум за очередную конституцию либералы провалили (большинство проголосовало против), но, сославшись на низкую явку, либералы вновь совершили переворот и приняли конституцию более унитарную. Однако им пришлось объявить христианство государственной религией (уступка консерваторам).
Полностью провалилась финансовая политика Гельветической республики. Еще в 1798 г. отменили цехи и внутренние таможни, в 1799 г. была введена валюта швейцарский франк. Но банкротство 1801 г. привело к тому, что правительство потребовало с крестьян выплатить выкуп за отмену земельной аренды в размере ее оплаты за 20 лет. Крестьяне в кантоне Во восстали в мае 1802 г. и сожгли документы за землю.
Наполеон сказал, что пусть швейцарцы сами разбираются, и вывел французские войска. Сразу же началась гражданская война. Консервативные кантоны востока и юга восстали и разбили армию либералов в серии сражений в августе - октябре 1802 г. Были взяты Люцерн, Цюрих, Берн. Либеральное правительство Гельветической республики бежало в Лозанну. Консерваторы собрали свой Контр-Собор.
В этот момент Наполеон выступил с обращением к швейцарскому народу. Мол, он хотел как лучше, но швейцарцы умеют только убивать друг друга, поэтому французская армия в третий раз оккупирует Швейцарию, а представители обеих сторон должны явиться в Париж и выслушать решение Наполеона как посредника. Войска Нея вошли в Швейцарию. Лидеры консерваторов были брошены в тюрьму, но умеренные либералы и умеренные консерваторы явились в Париж.
19 февраля 1803 г. Наполеон передал им Медиационный акт, который вступил в силу в апреле. Гельветическая республика была упразднена. Ее сменило "государство Гельвеция - Швейцарская конфедерация" в состав 19 кантонов (добавились итальянский Тичино и дотоле независимый Граубюнден). Женева и Юра остались в составе Франции, Невшатель в составе Пруссии, а кантон Вале стал отдельной марионеточной республикой (с 1810 г. - французский кантон Симплон).
Из 19 кантонов 6 были отнесены к категории "деревенских", 7 к "городским", 5 к "новым" (бывшие колонии, которым Директория и Наполеон дали статус кантонов) и 1 - Граубюнден - оставался на положении особой автономии.
Французские войска были выведены из Швейцарии (к февралю 1804 г.), но перед этим в сентябре 1803 г. Ней подписал с Собором во главе с Л. Аффри новый военный союз между Францией и Швейцарией. Согласно нему, швейцарская армия должна была воевать в случае оборонительной войны за Францию (но не при наступательной), однако в любой момент и для любой войны (в пределах Европы) предоставить Наполеону 24 тыс. наемников. Фактически Швейцария стала наполеоновским протекторатом. Из-за Континентальной блокады жилось довольно бедно и голодно, но зато стали развивать текстильную промышленность.
