Была запутанная ситуация уже в войну 1806-1812 гг. Ведь Наполеон соглашался, чтобы Россия присоединила всю Молдавию и Валахию. Но наши сначала воевали плохо, а потом у Кутузова не было времени, и он присоединил только Бессарабию за месяц до вторжения Наполеона.
Бессарабия вся была частью Молдавии лишь давно, в 14-15 вв. С 16 века Молдавия владела центром Бессарабии, а север (Хотин) и юг (Измаил, Килия) принадлежали напрямую Турции и были заселены турками, татарами, ногайцами, гагаузами. Александр I сразу выселил оттуда всех ногайцев и татар, и стали колонизировать юг Бессарабии (Буджак) болгарами, сербами, немцами-сектантами из Вюртемберга, русскими крестьянами и проч. Сейчас это юг Одесской области.
В собственно центральной Бессарабии была путаница с разными сословиями, которые никак не соответствовали русским. Еле-еле их начали приписывать к русским сословиям.
Вообще до 1818 г. Бессарабия считалась чем-то вроде Польши и управлялась на основаниях типа польских, т.е. автономия местного боярства. Потом Александр I лично туда приехал и решил рассматривать Бессарабию как часть Новороссии, т.е. зону колонизации.
В 1828 г. Николай I отменил автономию Бессарабской области и начал вводить в ней общероссийские законы. Но делалось это непоследовательно, часть вводили, часть нет. Она оставалась особой областью, а не губернией. Губернией стала лишь в 1873 г.
С 1824 по 1854 гг. ей управлял Михаил Воронцов, он же управлял Новороссией и Кавказом. И у него были специфические понятия о том, как управлять окраинами.
Реформы 60-70-х годов сломали местный боярский строй окончательно, общественная жизнь перешла в руки олигархической семьи Крупенских.
Вообще за сто лет (1812-1917) население изменилось кардинально. Оно выросло в 4 раза. Но если раньше было 86% молдаван, то теперь их стало меньше 50%, а стало много евреев, великорусов и малорусов, немцев, болгар, армян, цыган. Во всех городах стали преобладать евреи (в Кишиневе - 45% к моменту погрома 1903 г.).
Особым случаем была Южная Бессарабия. По итогам Крымской войны ее в 1856 г. отрезали и передали Молдове, которая вскоре стала Румынией. При диктатуре Кузы Южная Бессарабия подвергалась жестоким гонениям и репрессиям, местных болгар загоняли в румынскую армию, все хозяйство румыны расхищали и разворовывали. В 1878 г. по итогам русско-турецкой войны Южную Бессарабию вернули России, несмотря на жаркие протесты Румынии. До этого румыны и думать о ней не думали, но лишь в 1878 г. сочинили себе миф о том, что это их исконная территория. Хотя именно в Южной Бессарабии молдаван было очень мало.
С 1878 г. это стал Измаильский уезд России. Но российские власти отнеслись к нему столь халатно, что сохранили всю румынскую систему управления, не заменив ее на российскую. Это стал еще один очаг нестабильности. За 40 лет до революции так и не удосужились исправить!
Еврейский погром в Кишиневе 1903 г. и последующие погромы 1905 г. показали, что растет напряженность с евреями. Несмотря на сильное либерально-кадетское движение, после 1907 г. вся общественная жизнь Бессарабской губернии попала в руки трех черносотенных помещиков-молдаван: Пуришкевича, Крупенского и Крушевана. После смерти Крушевана Пуришкевич и клан Крупенских стали грызться друг с другом.