На работу Миядзаки оказали влияние такие произведения, как «Земноморье» Урсулы Ле Гуин, «Красавица и чудовище» Жанны Мари Лепренс де Бомон, «Теплица» Брайана Олдиса, «Приход ночи» Айзека Азимова и «Властелин колец» Джона Р.Р. Толкина[39][52]. Также на автора оказала влияние японская повесть «Принцесса, которая любит насекомых»[12], действие которой разворачивается в период Хэйан[53] и рассказывает о молодой принцессе, которая ношению красивой одежды и поиску мужа предпочла общение с насекомыми[12]. Кроме того, на работу Миядзаки оказал влияние комикс Ричарда Корбена Rowlf, который он намеревался экранизировать, однако получил отказ[54][55]. Миядзаки изобразил в своём произведении будущее, в котором человеческая жадность привела мир к глобальной катастрофе[56]. Однако люди продолжают совершать те же ошибки, что и до войны, приведшей к опустошению планеты[57]. Имя и характер Навсикаи были придуманы под влиянием поэмы «Одиссея», где аналогичное имя носила феакийская принцесса[12][58]. Согласно мнению Фредерика Шодта, образ Навсикаи в фильме является типичным изображением в аниме симпатичной молодой девушки. Конец фильма, в отличие от манги, значительно более обнадёживающий, а Навсикая гораздо больше подходит на роль спасителя[59]. Патрик Дрейзен отметил, что Навсикая является противоположностью Ксяны. Ксяна уверена в своей правоте, хотя фактически она причиняет ущерб другим, а Навсикая спасает окружающих от последствий. Вместе с тем обеих героинь можно охарактеризовать японским словом «ясасии» (рус. «любезный, мягкий, дружелюбный»)[41].

Хотя существует предположение о связи с произведением Герберта Фрэнка «Дюна», подтверждения этому дано не было, за исключением того, что слово «ому» является послоговым воспроизведением английского worm (рус. червь)[39][58]. Миядзаки упоминал также о заражении бухты Минамата как о событии, в значительной степени повлиявшем на сюжет; он говорил о том, как природа отвечает на заражение окружающей среды и продолжает процветать[12][17]. Йан Деуиз-Бойд высказывался: «Склонность героини к любви и пониманию, вплоть до самопожертвования, меняют саму природу конфликта вокруг неё и развеивают неверные представления, которые возникли поначалу»[60]. Сцены, в которых герои проникают под заражённую землю, были основаны на экранизации романа Жюля Верна «Путешествие к центру Земли», снятой в 1959 году[61].

Одними из наиболее важных тем произведения являются антивоенная тема, энвайронментализм и пацифизм. Навсикая верит в ценность жизни независимо от её формы и благодаря своим действиям останавливает войну[12]. Дэвид Лоу и Линда Гудхью подчёркивали, что в фильме почти не изображено ничего злого, за исключением алчности, злой воли и наваждений. Страх порождает конфликты, а боязнь заражённого Леса вызывает жадность и недовольство. Навсикая помогает людям понять и научиться уважать природу, которая доброжелательна по отношению к тем, кто мирно с ней сосуществует[62].