Боливар хотел видеть Верхнее Перу в составе Аргентины (которая уже развалилась на отдельные провинции и отказалась от претензий на Верхнее Перу). Санта-Крус был за присоединение к Перу. Сукре - за независимость. Наконец парламент провозгласил "Республику им. Боливара" (именно так). Когда Боливар приехал в Ла-Пас, он был в бешенстве и хотел всё отменить. Но в итоге они уговорили Боливара написать им текст конституции и уехать. Боливар написал, что президентом пожизненно будет Сукре, а его преемником Санта-Крус, никакого парламента не нужно, а индейцы освобождаются от податей.
Однако Боливар уехал и как глава Перу в 1826 г. потребовал присоединить Боливию к Перу в виде федерации. Опять не удалось. Тогда Боливар написал для Боливии вторую конституцию. По ней учреждалась диктаторская власть президента, но противовесом ему должны были стать "избирательные коллегии" - особые органы власти, каких не было нигде в мире. Нечто вроде народных советов.
Конституции Боливара не применялись в жизни. Фактически в 1826 г. началась диктатура Сукре, которому досталась разоренная и обезлюдевшая за 16 лет войны страна. Сукре по примеру Боливара назначил везде новых чиновников, национализировал церковное имущество (но закрытие мелких монастырей и приютов оставило десятки тысяч больных, стариков и сирот на улице). Однако казна была пуста, налоги за время войны прекратили собираться. Сукре отменил все старые налоги и ввел новый подоходный, одинаковый для всех, но его никто не платил, пришлось вернуть подушную подать.
Тем временем размещенные в Боливии перуанские и колумбийские войска устраивали мятежи против Сукре, требуя присоединения к Перу. В 1828 г. мятежники ранили и арестовали Сукре, началась чехарда во власти. Сначала был подписан договор об оккупации страны перуанцами, потом патриоты расторгли его, сменилось несколько временных президентов за несколько дней. Проперуанский президент Бланко был убит спустя две недели. Северные провинции хотели в Перу, южные - в Аргентину. В итоге кризис и гражданская война закончились провозглашением президентом Санта-Круса.