П.Л. Войков, являясь  членом Уральского областного совета, участвовал в принятии решения о расстреле Николая II, его жены, сына, дочерей и их спутников. Участник расстрела царской семьи екатеринбургский чекист М.А. Медведев (Кудрин) указывает  Войкова в числе принявших решение об уничтожении семьи Николая II. Его обстоятельные воспоминаний о расстреле и захоронении царской семьи были адресованы Н.С. Хрущеву (РГАСПИ. Ф. 588. Оп.3. Д. 12. Л. 43-58).

Войков активно участвовал в подготовке и сокрытии следов этого преступления. В документах судебного следствия, проводившегося следователем по особо важным делам при Омском окружном суде Н.А. Соколовым, содержатся два письменных требования Войкова выдать 11 пудов серной кислоты, которая была приобретена в екатеринбургском аптекарском магазине «Русское общество» и использована для обезображивания и уничтожения трупов (см.: Н.А. Соколов. Убийство Царской семьи. М., 1991;  Н. А. Соколов. Предварительное следствие 1919-1922 гг. Сборник материалов. М., 1998; Гибель Царской семьи. Материалы следствия по делу об убийстве Царской семьи (Август 1918 – февраль 1920). Frankfurt am Main, 1987 и др.).

Сохранились воспоминания бывшего дипломата Г.З. Беседовского, работавшего с Войковым в варшавском постпредстве. В них содержится рассказ самого П.Л. Войкова о его участии в цареубийстве. Так, Войков сообщает: «вопрос о расстреле Романовых был поставлен по настойчивому требованию Уральского областного Совета, в котором я работал в качестве областного комиссара по продовольствию… Центральные московские власти не хотели сначала расстреливать царя, имея в виду использовать его и семью для торга с Германией… Но Уральский областной Совет и областной комитет коммунистической партии продолжали решительно требовать расстрела… я был одним из самых ярых сторонников этой меры. Революция должна быть жестокой к низверженным монархам… Уральский областной комитет коммунистической партии поставил на обсуждение вопрос о расстреле и решил его окончательно в положительном духе еще с [начала] июля 1918 года. При этом ни один из членов областного комитета партии не голосовал против…

Выполнение постановления поручалось Юровскому, как коменданту ипатьевского дома. При выполнении должен был присутствовать, в качестве делегата областного комитета партии, Войков. Ему же, как естественнику и химику, поручалось разработать план полного уничтожения трупов. Войкову поручили также прочитать царскому семейству постановление о расстреле, с мотивировкой, состоявшей из нескольких строк, и он действительно разучивал это постановление наизусть, чтобы прочитать его возможно более торжественно, считая, что тем самым он войдет в историю, как одно из главных действующих лиц этой трагедии. Юровский, однако желавший также «войти в историю», опередил Войкова и, сказав несколько слов, начал стрелять…  Когда все стихло, Юровский, Войков и двое латышей осмотрели расстрелянных, выпустив в некоторых из них еще по несколько пуль или протыкая штыками… Войков рассказал мне, что это была ужасная картина. Трупы лежали на полу в кошмарных позах, с обезображенными от ужаса и крови лицами. Пол сделался совершенно скользким как на бойне…

Уничтожение трупов началось на следующий же день и велось Юровским под руководством Войкова и наблюдением Голощекина и Белобородова… Войков вспоминал эту картину с невольной дрожью. Он говорил, что, когда эта работа была закончена, возле шахты лежала громадная кровавая масса человеческих обрубков, рук, ног, туловищ и голов. Эту кровавую массу поливали бензином и серной кислотой и тут же жгли двое суток подряд… Это была ужасная картина, - закончил Войков. – Мы все, участники сжигания трупов, были прямо-таки подавлены этим кошмаром. Даже Юровский  и тот под конец не вытерпел и сказал, что еще таких несколько дней – и он сошел бы с ума…» (Беседовский Г.З. На путях к термидору. М., 1997. С.111-116).

(из справки № 14105-2113.2-11 от 12 декабря 2008 г. о деятельности П.Л. Войкова, подготовленной Институтом российской истории РАН, за подписями ст. н. с. ИРИ РАН к.и.н. И.А. Курляндского и н. с. ИРИ РАН к.и.н. В.В. Лобанова)